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蛋白不正常堆疊與聚集在神經退化性疾病中扮演著重要的角色。為了降低聚集蛋白的毒性，我們設計合成一系列蛋白水解靶向嵌合體以期能用在神經退化性疾病的治療與預防。本發明的一個實例是將蛋白水解靶向嵌合體設計為一端包含E3連接酶招集配體，另一端包含聚集蛋白結合配體，兩端以連接鏈連結。本發明另一個實例為我們利用肌萎縮性側索硬化症細胞膜型與腺蟲動物模型用來驗證了關鍵蛋白水解靶向嵌合體降低了C端TDP-43片段的聚集體與寡聚體之毒性。本發明再一個實例為我們利用蛋白水解靶向嵌合體可以降解導致杭丁頓舞蹈症的蛋白聚集體。過度磷酸化的Tau蛋白是阿茲海默氏症和許多其他神經系統疾病的主要標誌，本發明又一個實例為我們利用蛋白水解靶向嵌合體可以降解致病的Tau蛋白。