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蝴蝶蘭表達基因生物晶片

蝴蝶蘭表達基因生物晶片
本院覽號

14T-1000824

公告日期

智財權狀態

know-how

摘要

蝴蝶蘭不僅是台灣近年來最重要的出口農產品之一,也是世界高單價花卉市場的寵兒。本發明根據蝴蝶蘭表達基因序列,設計短序列探針 (probe), 成為生物晶片,可以供蝴蝶蘭相關研發使用,進行測繪表達基因圖譜 (gene expression profiling) 試驗。

技術優勢

1. 目前市面上並無現成的蘭花基因相關之生物晶片可供研發使用。 2. 涵蓋最多表達基因。本晶片設計涵蓋42,957 個表達基因 (包括 349 個ncRNA),以及內建控制組與兩大流行病毒 (CyMV and ORSV) 之測試,共有42,973 個探針設計,堪稱目前最為完備的蝴蝶蘭表達基因晶片。 3. 資料庫支援。本晶片設計源自於蘭花基因資料庫,Orchidstra (http://orchidstra.abrc.sinica.edu.tw),是一個公開網路資料庫,針對每一個基因作最詳盡的註解。 4. 經濟效率高。本晶片設計容許同時雜合八個樣本,大大降低晶片成本。 5. 再現性高。本發明為一品質穩定性高的生物晶片,技術性重複的訊號再現率超過 99%,以定量PCR 作驗證試驗,其表達趨勢亦可獲一致結論。 6. 內建控制組 (internal control),包括 5’/3’ratio、Spike-in control等,以協助控制試驗誤差與失誤。 7. 同步檢測試驗材料的病毒感染狀態。

應用範圍

1. 全基因表達圖譜測繪 – Gene expression profiling。 2. 跨物種使用 – 本晶片的設計雖源自於Phalaenopsis aphrodite (大白花原生種) 的表達序列,但經過測試,目前市面流行的商業雜交品系,大白花Sogo V3,其標定cDNA雜合訊息與原生種的一致性高達95-98%。證明本晶片設計可容許相近物種的使用,擴大其應用範圍。 3. 基因組定位 (genome mapping) – 可用於協助EST mapping to genome 的定位工程。 4. 病毒篩檢 – 本晶片提供兩個蝴蝶蘭最常發生的病毒感染偵測,CyMV and ORSV,每個病毒設計四個獨立探針。 5. 序列擷取 (sequence capture) – 可借由互補序列接合 (annealing),應用於擷取特定區域的基因體,供進一步定序使用。

創作人

施明哲、張耀乾、趙雅婷、蘇春霖

Sinica Logo

檔案下載

PDF-ICON蝴蝶蘭表達基因生物晶片
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