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台灣水產養殖為高經濟價值之國家重要產業，然而目前並無以物種全基因組為基礎，精準且永續農業生產策略。而生物基因體晶片檢測，已成為遺傳研究、物種評估、疾病監測及品種篩選的有效工具，不過在台灣尚無生物基因體晶片應用於水生物種的相關實例，來評估物種的遺傳組成與特定性狀之間的關連。於此，我們發展一套設計單核苷酸多樣性全基因組探針，與分析產出結果的流程。透過演算法進行特定物種之多樣族群定序與其基因體比對，找出其中的遺傳變異位點並經過品質控管篩選，再利用連鎖不平衡刪除帶有相似遺傳訊息的位點後，設計出用於生物晶片製造的最佳探針組合，並建構該物種之基因體探針群與特定性狀之資料庫，後續將結合人工智慧模型，發展基因體育種為基礎之精準農業策略。

1. 遺傳變異位點經過嚴格的品質控管減低源自定序平台的錯誤
2. 在有限的遺傳變異位點數量中攜帶最大量的遺傳訊息
3. 遺傳變異的挑選沒有根據任何性狀挑選，因此將適用於廣泛的研究領域

圖1.此流程圖說明整個生物晶片上遺傳變異挑選的步驟。首先，我們找出遺傳變異的位點並經過品質控管篩選。我們再透過連鎖不平衡的概念來刪除帶有相似遺傳訊息的位點。這些遺傳變異位點經過評估判斷是否適合設計為生物晶片。